MariaDBでPlease run mysql_upgradeのエラーが大量に出ていた。

/var/log/messagesを見ると↓のログが大量に出力されていた。

Nov 21 22:16:01 base mysqld: 2018-11-21 22:16:01 0 [Warning] InnoDB: Table mysql/innodb_index_stats has length mismatch in the column name table_name. Please run mysql_upgrade
Nov 21 22:16:01 base mysqld: 2018-11-21 22:16:01 0 [Warning] InnoDB: Table mysql/innodb_table_stats has length mismatch in the column name table_name. Please run mysql_upgrade
Nov 21 22:16:01 base mysqld: 2018-11-21 22:16:01 0 [Warning] InnoDB: Table mysql/innodb_index_stats has length mismatch in the column name table_name. Please run mysql_upgrade

Please run mysql_upgradeと有るようにupgradeを実行すれば良いようだ。

何も考えずに実行

# mysql_upgrade
Version check failed. Got the following error when calling the 'mysql' command line client
ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)
FATAL ERROR: Upgrade failed

ああ・・ユーザーとパスワードですね・・・。

再度実行

# mysql_upgrade -u root -p
Enter password:
Phase 1/7: Checking and upgrading mysql database
Processing databases

mysql
mysql.column_stats OK
mysql.columns_priv OK
mysql.db OK
mysql.event OK
mysql.func OK
mysql.gtid_slave_pos OK
mysql.help_category OK
mysql.help_keyword OK
mysql.help_relation OK
mysql.help_topic OK
mysql.host OK
mysql.index_stats OK
mysql.innodb_index_stats OK
mysql.innodb_table_stats OK
mysql.plugin OK
mysql.proc OK
mysql.procs_priv OK
mysql.proxies_priv OK
mysql.roles_mapping OK
mysql.servers OK
mysql.table_stats OK
mysql.tables_priv OK
mysql.time_zone OK
mysql.time_zone_leap_second OK
mysql.time_zone_name OK
mysql.time_zone_transition OK
mysql.time_zone_transition_type OK
mysql.transaction_registry OK
mysql.user OK
Phase 2/7: Installing used storage engines... Skipped
Phase 3/7: Fixing views
Phase 4/7: Running 'mysql_fix_privilege_tables'
Phase 5/7: Fixing table and database names
Phase 6/7: Checking and upgrading tables
Processing databases
information_schema
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xorgxrdpの依存関係でupdate失敗したので対処

Xwindowが入っているサーバーのupdateを実行しようとして依存関係でこけたのでメモ
check-updateが通ったので-yをつけて実行すると↓の状況でこける

---> パッケージ xorgxrdp.x86_64 0:0.2.8-1.el7 を 更新
---> パッケージ xorgxrdp.x86_64 0:0.2.8-3.el7 を アップデート
--> 依存性の処理をしています: xorg-x11-server-Xorg(x86-64) = 1.20.1 のパッケージ: xorgxrdp-0.2.8-3.el7.x86_64
--> 依存性解決を終了しました。
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ kernel-ml.x86_64 0:4.18.9-1.el7.elrepo を 削除
---> パッケージ kernel-ml-devel.x86_64 0:4.18.9-1.el7.elrepo を 削除
---> パッケージ xorgxrdp.x86_64 0:0.2.8-3.el7 を アップデート
--> 依存性の処理をしています: xorg-x11-server-Xorg(x86-64) = 1.20.1 のパッケージ: xorgxrdp-0.2.8-3.el7.x86_64
--> 依存性解決を終了しました。
エラー: パッケージ: xorgxrdp-0.2.8-3.el7.x86_64 (epel)
要求: xorg-x11-server-Xorg(x86-64) = 1.20.1
インストール: xorg-x11-server-Xorg-1.19.5-5.1.el7_5.0.1.x86_64 (@updates)
xorg-x11-server-Xorg(x86-64) = 1.19.5-5.1.el7_5.0.1
利用可能: xorg-x11-server-Xorg-1.19.5-5.el7.x86_64 (base)
xorg-x11-server-Xorg(x86-64) = 1.19.5-5.el7
利用可能: xorg-x11-server-Xorg-1.19.5-5.1.el7_5.x86_64 (updates)
xorg-x11-server-Xorg(x86-64) = 1.19.5-5.1.el7_5
問題を回避するために --skip-broken を用いることができます。
これらを試行できます: rpm -Va --nofiles --nodigest

xorg-x11-server-Xorgのバージョンが1.20.1を要求しているのに
標準のリポジトリだと1.19.5-5.1.el7_5.0.1までしか提供されておらずupdateに失敗する。

海外のサイトを見ると「ミラーサイトで提供が始まっているから待った方が良い」
みたいな事が書いてありましたが一日w待っても
提供されないのですぐに対処してみた。

まずはお約束のリポジトリの清掃

# yum clean all
読み込んだプラグイン:fastestmirror, langpacks
リポジトリーを清掃しています: base elrepo elrepo-kernel epel extras mariadb
...: nginx remi-php72 remi-safe skype-stable updates zabbix
...: zabbix-non-supported
Cleaning up everything
Maybe you want: rm -rf /var/cache/yum, to also free up space taken by orphaned data from disabled or removed repos
Cleaning up list of fastest mirrors

そしてパッケージが降ってくるか確認
CentOS-CRリポジトリを使用します。
CRリポジトリを開放してupdateすると一気にたくさんupdateがかかって怖いので
updateに引っかかったパッケージのみを対象にしました。

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